События аниме «Гаргантия на зеленой планете» разворачиваются в отдаленном будущем, где человечество оказывается на грани вымирания из-за войны с загадочной инопланетной расой, известной как «Хидаасу». Молодой лейтенант Ред, вооруженный передовым «гуманоидным мобильным оружием» по имени Чембер, участвует в ожесточенных боях, когда внезапно их корабль попадает в пространственно-временное искажение. Ред приходит в себя в новом, неизведанном мире и находит себя на планете, которая когда-то была известна как Земля, но теперь стала всего лишь забытым реликтом. Долгие годы глобальные катастрофы затопили почти всю поверхность планеты, и оставшихся в живых людей можно встретить только на флотилиях, представляющих собой огромные плавучие города. Эти сообщества выживают, извлекая из вод океана заветные остатки прошлого, преисполненные людьми, которые стремятся адаптироваться к новым условиям жизни. В этом причудливом мире Ред оказывается на борту гаргантиевого флота, грубо скомпонованного из старых кораблей и лодок, где ему предстоит узнать о жизни, о которой он прежде только мечтал, но не знал, каково это — просто жить. Здесь, в безопасной гавани, юный воин сталкивается с 15-летней Эми, курьером флота, которая становится его проводником в этом новом существовании. Эми открывает Реду различные аспекты жизни, о которых он не имел представления, покидая за собой жестокую реальность войны. С каждым днем он все глубже проникается мирной атмосферой флота и учится взаимодействовать с его жителями, наблюдая за тем, как простые человеческие эмоции и заботы могут наполнять жизнь смыслом. Отношения Реда и Эми становятся всё более сложными, ведь в нём продолжают звучать отголоски его прошлой жизни как солдата. Постепенно он осознает, что его предназначение изменилось, и теперь ему предстоит адаптироваться к новой реальности, где боевые действия уступили место дружбе, пониманию и поиску человеческих ценностей. Так начинается его личное путешествие самопознания и поиска своего места в мире, который, казалось бы, был ему чужд, но теперь наполняется неожиданными радостями и открытиями.